Application of eVOC: controlled vocabularies for unifying gene expression data

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Abstract
To provide standardised description of gene expression and cross platform querying of databases, we have developed eVOC (http://www.sanbi.ac.za/evoc/), consisting of four orthogonal ontologies which describe Anatomical System, Cell Type, Pathology and Developmental Stage. We have annotated 47 microarray expression data sets and all publicly available human cDNA and SAGE tag libraries. eVOC has been integrated with the public resource EnsMart, which provides linking of transcripts and libraries with expression terms and the human genome sequence (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/martview). To cite this article: W. Hide et al., C. R. Biologies 326 (2003). Afin de fournir une description standardisée de l'expression génique et une interrogation des bases de données de différentes plates-formes, nous avons développé le vocabulaire contrôlé eVOC (http://www.sanbi.ac.za/evoc/), constitué de quatre ontologies orthogonales permettant de décrire le système anatomique, le type cellulaire, la pathologie et le stade de développement. Nous avons annoté avec eVOC aussi extensivement que possible 47 jeux de données d'expression et toutes les banques d'ADNc et d'étiquettes SAGE publiquement disponibles. eVOC a été intégré avec la ressource publique EnsMart, qui relie les transcrits et les banques avec les termes d'expression et la séquence du génome (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/martview). Pour citer cet article : W. Hide et al., C. R. Biologies 326 (2003).