Flanking sequence tags in Arabidopsis thaliana T-DNA insertion lines: a pilot study

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Abstract
Eight hundred and fifty Arabidopsis thaliana T-DNA insertion lines have been selected on a phenotypic basis. The T-DNA flanking sequences (FST) have been isolated using a PCR amplification procedure and sequenced. Seven hundred plant DNA sequences have been obtained revealing a T-DNA insertion in, or in the immediate vicinity of 482 annotated genes. Limited deletions of plant DNA have been observed at the site of insertion of T-DNA as well as in its left (LB) and right (RB) T–DNA signal sequences. The distribution of the T-DNA insertions along the chromosomes shows that they are essentially absent from the centrometric and pericentrometric regions. Huit cent cinquante lignées d’insertion ADN-T d’Arabidopsis thaliana ont été sélectionnées sur la base d’un phénotype. Les séquences flanquant l’insertion d’ADN-T (FST) ont été isolées par une technique d’amplification PCR et déterminées. Sept cents séquences d’ADN de plantes ont ainsi été obtenues, révélant la présence d’une insertion dans (ou à proximité immédiate de) 482 gènes annotés. Des délétions limitées ont été observées dans l’ADN génomique au voisinage du site d’insertion, ainsi que dans les bordures droites et gauches de l’ADN-T. La distribution des insertions le long des chromosomes révèle une quasi-absence d’insertion dans les régions centrométriques et péri-centrométriques.