On the use of marker information from granddaughter designs

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Abstract
Selection indices were developed for combining marker information and animal model PTA for offspring, grandoffspring, and great-grandoffspring of sires. The sires had marker-QTL linkages identified in granddaughter designs (GDD). Effects of size and s. e. of marker effects and of weight given to own and progeny records in PTA on gain in accuracy of selection due to a marker were quantified. Gains were negligible for high weight or large s. e., even if the marker effect was substantial. Gains were compared among offspring (O), grandoffspring (GO), and great-grandoffspring (GGO), when the marker effect in the sire was the only marker information. Gains decreased strongly for GO and were smallest for GGO. Assuming that progeny test (PT) daughters of some sons of the sire were also marker genotyped, the selection index was mo dified to incorporate this marker information on sons in addition to that on the sire from the GDD for selection of GO. For the current size of the PT, gain from including marker data on PT daughters was negligible, requiring 200 to 1000 PT daughters. Polymorphism Information Content (PIC) was computed as the fraction of O, GO, and GGO with marker allelic inheritance traceable to the sire. PIC in GO exceeded .8 and approached PIC in O only if a marker had at least 10 alleles at equal frequencies. ZUSAMMENFASSUNG: Verwendung von genetischen Markern bei Enkelin-Selektionsplänen Selektionsindices wurden hergeleitet, um Information von Markergenorten zu kombinieren mit Tiermodell-Zuchtwerten für Nachkommen der ersten, zweiten und dritten Generation von Vatertieren. Die Vatertiere hatten Marker-QTL Kopplungsbeziehungen, die in "granddaughter designs (GDD)" nachgewiesen worden waren. Die Einflüsse von Größe und Standardfehlern der Markereffekte und der Gewichtung von Eigen- und Nachkommenleistungen im Tiermodell-Zuchtwert auf die Verbesserung der Selektionsgenauigkeit durch die Markerinformation wurden ermittelt. Verbesserungen waren gering für hohe Gewichtung oder große Standardfehler. Verbesserungen wurden verglichen für Nachkommen der ersten, zweiten und dritten Generation, wenn die Markerinformation nur aus dem GDD stammte. Verbesserungen waren stark reduziert bzw. sehr gering für Nachkommen der zweiten bzw. dritten Generation. Der Selektionsindex wurde modifiziert, um begrenzte Markerinformation von Töchtern aus der Nachkommenprüfung von Söhnen eines Vatertieres miteinzubeziehen. Diese Information war nur hilfreich, wenn mindestens 200 bis 1000 Töchter getestet waren. Der Polymorphismus-Informationsgehalt (PIC) wurde berechnet als der Anteil von Nachkommen der ersten, zweiten und dritten Generation, für den die Vererbung eines Markeralleles zum Vatertier zurückverfolgt werden konnte. Zumindest 10 Allele mit gleichen Frequenzen waren notwendig, um ein PIC von .8 und ein PIC in Nachkommen der zweiten Generation von ähnlich hohen Wert wie für Nachkommen der ersten Generation zu erhalten.