Detection of newEnterocytozoongenotypes in faecal samples of farm dogs and a cat

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Abstract
The microsporidian species Enterocytozoon bieneusi had emerged as opportunistic pathogen in AIDS patients causing chronic diarrhoea and was found with high prevalences in faeces of asymptomatic pigs. Analysis of the ribosomal RNA gene internal transcribed spacer (rDNA ITS) had revealed that nine distinct but closely related genotypes occur in humans and in swine. Using primers that were designed to be specific for E. bieneusi, we obtained amplicons from the faecal samples of one from twelve cats and from three out of 36 farm dogs. Sequence analysis of the rDNA ITS, which is part of the diagnostic PCR product, revealed that the isolate from the cat is very closely related to the F. bieneusi genotypes of human or swine origin. The corresponding sequence of all three dog-derived isolates were identical among each other and had a sequence similarity to known sequences of only 47.6-48.2 %. In addition, part of the small subunit rRNA gene was amplified and sequenced from one dog-derived isolate revealing a similarity to known sequences of human-derived F. bieneusi of 96-98%. Enterocytozoon-like spores could be detected by light microscopy in one canine sample. Together with recent reports of detection of Enterocytozoon in environmental samples, our findings suggest that microsporidia of the genus Enterocytozoon seem to be ubiquitous and consist of many genotypes in various naturally infected animal species. Enterocytozoon bieneusi s'est révélé être une microsporidie pathogène opportuniste chez les malades atteints de SIDA et détermine des diarrhées chroniques. Elle a une haute prévalence chez les porcs, même asymptomatiques. L'analyse de la séquence ITS du gène codant l'ARN ribosomique (rDNA ITS) a montré l'existence de neuf génotypes proches mais distincts chez l'homme et le porc. En utilisant les amorces qui sont réputées spécifiques de E. bieneusi, il a été obtenu des amplicons dans les matières fécales d'un chat sur 12 et de trois chiens de ferme sur 36. L'analyse de la séquence ITS du rDNA avec laquelle a été exécutée la PCR montre que la souche isolée du chat est très proche des génotypes de E. bieneusi d'origine humaine ou porcine. La séquence correspondante, identique chez les trois isolats provenant des chiens, n'est similaire qu'à 47,6-48,2 % des séquences connues. En outre, une partie de la petite sous-unité du gène rDNA ayant été amplifiée et séquencée à partir d'un des isolats canins a révélé une similitude de 96-98 % avec les séquences connues chez E. bieneusi d'origine humaine. Des spores du type Enterocytozoon ont été détectées en microscopie optique dans les matières fécales d'un chien. En accord avec les travaux récents montrant la présence d'Enterocytozoon dans l'environnement, nos données suggèrent que le genre Enterocytozoon semble ubiquiste et comprend de nombreux génotypes chez de nombreux animaux spontanément infectés.

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