Molecular phylogenetic studies onBrugiafilariae usingHHAI repeat sequences

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Abstract
This paper is the first molecular phylogenetic study on Brugia parasites (family Onchocercidae) which includes 6 of the 10 species of this genus : B. beaveri Ash et Little, 1964; B. buckleyi Dissanaike et Paramananthan, 1961 ; B. malayi (Brug,1927) Buckley, 1960 ; B. pohangi, (Buckley et Edeson, 1956) Buckley, 1960 ; B. patei(Buckley, Nelson et Heisch,1958) Buckley, 1960 and B. limori Partono et al., 1977. Hha I repeat sequences are 322 nucleotides long, highly repeated, tandemly arranged and unique to the nuclear genomes of the genus Brugia. Hha I repeat sequence data was collected by PCR, cloning and dideoxy sequencing. The Hha I repeat sequences were aligned and analyzed by maximum parsimony algorithms, distance methods and maximum likelihood methods to construct phylogenetic trees. Bootstrap analysis was used to test the robustness of the different phylogenetic reconstructions. The data indicated that the Hha I repeat sequences are highly conserved within species yet differ significantly between species. The various tree-building methods gave identical results. Bootstrap analyses on the Hha I repeat sequence data set identified at least two clades : the B. pahangi-B. beaveri clade and the B. malayi-B.timori-B. buckleyi clade; the first clade includes parasites of carnivores from Asia and America; the second includes species from primates and lagomorphs from Asiatic region. It was also noted that the Hha I repeat sequences obtained from B. malayi were identical to those obtained from B. timori, indicating very recent speciation. Cet article est la première étude plylogénétique moléculaire sur les filaires du genre Brugia(Onchocercidae) ; elle inclut six des 10 espèces du genre :B. beaveri Ashet Little, 1964 ; B. buckleyi Dissanaike et Paramananthan, 1961; B. malayi (Brug, 1927) Buckley, 1960 ; B. pahangi(Buckley et Edeson, 1956) Buckley, 1960 ; B. patei (Buckley, Nelson et Heisch, 1958) Buckley, 1960 et B. timoriPartono et al., 1977. Les répétitions HHA I sont longues de 322 nucléotides,hautement répétées, arrangées en copies directes et propres aux génomes nucléaires des espèces du genre Brugia. Les répétitions HHA I ont été amplifiées par PCR, clonées et séquencées. Les séquences obtenues ont été alignées puis leur phy-logénie reconstruite par les méthodes de parcimonie, de distance et de vraisemblance. Des analyses de bootstrap ont été utilisées pour tester la robustesse des différentes reconstructions phylogénétiques. Les données indiquent que les séquences de la répétition HHA I sont fortement conservées dans une même espèce alors qu'elles diffèrent significativement d'une espèce à l'autre. Les différents arbres construits par les trois méthodes ont donné des résultats identiques. Les analyses de bootstrap de l'ensemble des séquences de la répétition HHA I ont révélé au moins deux clades: le clade B. pahangi-B. beaveri, et le clade B. malayi B. B.timori B. buckleyi; le premier clade groupe deux espèces parasites de carnivores, d'Asie et d'Amérique; le deuxième des espèces de primates et de lagomorphes de région asiatique. Il est à noter que la séquence de la répétition HHA I de B. malayi est identique à celle obtenue pour B . timori, ce qui suggère une spéciation très récente.

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