Tracking enzymatic steps of DNA topoisomerases using single-molecule micromanipulation

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Abstract
Dans cet article, nous décrivons des expériences sur des molécules individuelles utilisant des pinces magnétiques. Nous les utilisons pour caractériser les enzymes topoisomérases dont le rôle biologique est de démêler les molécules d'ADN. Dans un premier temps, l'élasticité d'une molécule d'ADN est mesurée en utilisant cette technique de micromanipulation. Nous montrons qu'il est facile de contrôler une contrainte de torsion sur une molécule d'ADN et que son effet sur son élasticité peut être mesuré avec précision. Nous décrivons ensuite l'observation de l'activité enzymatique à l'échelle de la molécule unique. Ceci nous permet d'accéder à la mesure des constantes réactionnelles de l'enzyme tel sa vitesse ou sa processivité. Nous passons en revue les résultats que nous avons obtenus en particulier sut la topoisomérase II, et nous montrons qu'il est possible d'enregistrer en temps réel les cycles de déroulement d'une molécule d'ADN sous torsion. Ceci nous permet une caractérisation précise de la biochimie de cette enzyme. La mesure directe des cycles enzymatiques ne peut se faire que lorsque le rapport signal sur bruit du dispositif expérimental est élevé. Nous discutons également les méthodes de traitement des données qui permettent d'accéder à la distribution des cycles enzymatiques en fonction de la qualité du rapport signal sur bruit. Pour citer cet article : T.R. Strick et al., C. R. Physique 3 (2002) 595–618.